A Dunai Vasmű és az új város 1950 tavaszán elkezdődött építése már az év telén régészeti leletmentést igényelt. Az 1951 tavaszán megindult nagyméretű ásatáson az ország szinte minden tájáról részt vettek kutatók. Az építkezés dolgozói kezdeményezték az előkerült leletek helyben történő kiállítását, ezért döntés született a Dunapentelétől délre épülő szocialista város múzeumának létrehozásáról.
Az 1951-től mostoha körülmények között működő intézmény 1970-ben foglalta el jelenlegi otthonát, az egykori pártházat. Az intézmény 1975-től viseli Intercisa, az ókori településelőd nevét.
Az Intercisa Múzeum Dunaújváros és környékének régészeti, történeti és néprajzi emlékeit gyűjti, őrzi és mutatja be állandó és időszaki kiállításain.
Legkorábbi leleteink az újkőkor idejéből származnak, mintegy 6000 évvel ezelőttről. A gyűjtemény törzsét azonban ma is a bronzkor alkotja. Több olyan lelőhely (Kisapostag, Kulcs, Koziderpadlás) kerámia- és bronzanyagát őrizzük, amelyekről korabeli kultúrát, csoportot, korszakot neveztek el. A késő vaskori leletanyagból kiemelkedik egy kelta ezüstérem-kincs, amely a város területén került elő.
Dunaújváros területén az 1. században létesítettek római katonai tábort, melyben az 5. századig folyamatosan állomásozott római katonaság. Római kori gyűjteményünk jelentős részét a katonaság, valamint a tábor mellett létesült polgári település lakóinak hagyatéka alkotja.
A közép- és kora újkori gyűjtemény legkorábbi leletei 5. századiak, a legkésőbbiek a 17-18. századra keltezhetők. Múzeumunkban megtalálható a népvándorlás népeinek: hunoknak, germánoknak, avaroknak a leletei, a honfoglalás- és Árpád-kor hagyatéka, a középkor, valamint a török kor magyar lakosságának és az itt állomásozó török katonáknak az emlékei.
A város történetére vonatkozó dokumentumok gyűjtése 1951 őszén kezdődött. 1953-tól a tárgyszegénység megszüntetése, majd az évfordulók helyi eseményeihez, a jubileumi kiállításokhoz történő anyaggyűjtés került előtérbe. Később jelentős hangsúlyt kapott Dunapentele két világháború közötti története és a 20. századi életmódtörténet. A gyűjtemény leltározott állományát 2007-ben 1761 tárgy, 6859 eredeti, forrásértékű dokumentum és 399 archív fénykép jelentette.
A múzeum néprajzi gyűjteményének alapjait az 1951-ben megkezdett, az anyagi kultúra és a folklór számos területét érintő kutatások vetették meg. Az 1954-től folytatott tárgygyűjtések jelentősen fejlesztették a gyűjteményt, amely 2007-ben 2146 tárgyból áll.
A Dunaújváros története az őskortól az 1970-es évek közepéig című állandó kiállítás a város és környéke bronzkori, római kori múltját hangsúlyozza, és részletesen bemutatja az új város építésének történetét. Az intézmény a gyűjteményeihez kapcsolódó kézműves foglalkozásokat, rendhagyó múzeumi órákat, múltidéző játszóházi programokat, ismeretterjesztő előadásokat szervez közönségének.